PENERAPAN Chitosan UNTUK KUALITAS AIR DAN MACROBENTHIC FAUNA REHABILITASI DI vannamei UDANG (LITOPENAEUS vannamei) kolam, UTARA COAST DARI SEMARANG, JAWA TENGAH - INDONESIA

Chitosan adalah biopolimer yang memiliki beberapa unik karakter yang dapat digunakan untuk beberapa aplikasi dan tujuan, dalam skala kecil sebagai serta dalam skala industri comercially (RHA Chokyun, 1980). Rouget yang dikenal modifikasi kitin kitosan pada tahun 1859 menjadi (Wibowo, 2003). Selanjutnya Wibowo (2003), mendefinisikan kitosan sebagai polimer panjang dirantai dari 2-glukosa deocxy-2-amino-atau dikenal sebagai deacetilated kitin. Chitosan memiliki (C6H11NO4) dengan berat molekul 104-106 dikenal juga sebagai β-1,4-2 amino-2-dioxy-D-glukosa, polimer dengan satu kationik amino (NH2) dan 2 freehydroxyl (OH) di setiap cincin glukosa.

Menurut untuk Hirano (1986) itu pertama kali dijelaskan kitosan pada tahun 1811 dan dinamai Odier pada tahun 1823, tapi tidak ada informasi lebih lanjut tentang penggunaan kitosan sebagai biopolimer selulosa komersial. Suhardi (1993), nama chitosan digunakan untuk merujuk ke D-glukosamin, di mana beberapa monosacharides dalam polimer molekul asetil memiliki. Muzzarelli di Hartoko, at.al., (2007a) menyatakan yang memiliki gelar deasetilasi kitin 10% dan kitosan memiliki jangkauan dari 90 - 100%. Chitosan Baru! Tahan tombol shift, klik, dan tarik kata-kata di atas untuk menyusun ulang. sebuah electrolit poli zat kationik (positif charge) dan siap untuk menangkap ion negatif. Inilah sebabnya mengapa kitosan dianggap sebagai sangat penting bio-polimer (Roberts, 1992), seperti untuk mempromosikan pertumbuhan mikroba alami (Sandford, 1991). Skala terbesar chitosan digunakan adalah dalam pengobatan air untuk logam berat dan radio polutan aktif. Chitosan adalah koagulan yang mampu menangkap zat-zat tersebut sebagai ditangguhkan padat, koloid dan ditangguhkan padat dalam air, kemudian tenggelam atau mengapung pemisahan dari air (Widodo, dkk, 2005).

Dalam 10 tahun terakhir sejak tahun 1998, hampir semua kolam udang-daerah sepanjang pantai utara Jawa  hancur oleh mikroba patogen Penyakit (Penyakit keluar istirahat). Hal ini disebabkan oleh lebih daya dukung sebagai dampak dari makan lebih, sehingga limbah pakan yang tidak terkendali, penurunan dari kualitas air dan akhirnya Penyakit keluar istirahat dan
kegagalan budidaya udang, kehilangan modal dan pengalaman traumatis bagi petani ikan untuk ini tanggal (Hartoko, et.al., 2007a, b, c, d). Selama emas udang periode 1975 - 1980, utama
produk laut Semarang laut udang espescially bawah / demersal Penaeid dan Metapenaeid perikanan, yang tertangkap menggunakan Pukat ikan gigi. Namun di titik lain pandangan, perikanan demersal dikenal sebagai sangat rentan karena spesies ini memiliki sangat terbatas gerakan dan pasif, dan cenderung over-fishing. Panjang pantai Semarang line adalah 21,6 km terdiri dari ikan dan udang kolam sekitar 1040 ha. Oleh karena itu, salah satu nya potensial resouces gunakan adalah untuk mengembangkan udang kolam produksi atau sumber daya kelautan dan perikanan berbasis industri dan ekonomi.

Udang putih vannamei Amerika (Litopenaeus vannamei Boone) itu pertama kali masuk ke Indonesia pada Mei 2002, dengan impor 2.000 induk vannamei saham, dan 5 juta pasca larva dari Hawai dan Taiwan, dan 300.000 dari Amerika Latin. Tentang 110 spesies keluar dari itu milik genus Penaeid, dan salah satunya adalah genus Litopenaeus, spesies L.vannamei (Haliman dan Adijaya, 2005). Menurut Pangan dan Pertanian (FAO, 1989) ada sekitar 343 udang spesies yang dapat dibudidayakan udang commercially.Vannamei memiliki beberapa nama, internasional dikenal sebagai Pacific Putih Udang, whiteleg udang (bahasa Inggris), crevette pattes blances (Prancis), dan Camarón patiblanco (Spanyol). Sebelum dikembangkan di Indonesia, udang vannamei sudah dikembangkan di Amerika selatan, seperti Ekuador, Meksiko, Panama, Kolombia, dan Honduras. Produksi rata-rata mereka mencapai 10% dari total wujud kebudayaan dunia dan menangkap laut (Haliman dan Adijaya, 2005). Udang vannamei adalah Arthropoda dikelompokkan menjadi phyllum terdiri dari ribu spesies. Yang dominan adalah subphyllum Crustacea dengan memiliki 3 pasang berjalan kaki, espescially ordo dari Decapoda, seperti L.chinensi, L.indicus, L.japonicus, L.monodon, L.stylirostis, dan L.vannamei (Haliman dan Adijaya, 2005). Spesifik morfologi putih kebiruan yang transparan dengan kromatofora terkonsentrasi dekat dengan telson dan uropod. Setelah dua gigi di mimbar ventral dan delapan atau sembilan gigi mimbar di dorsal (Subaidah dan Harjono, 2003).

Udang vannamei milik subgenus Litopenaeus dan spesies betina telah terbuka thelycum tanpa penutup atau wadah mani (Wyban dan Sweeney, 1991). Taksonomi
Vannamei udang (L.vannamei) adalah sebagai berikut: Filum: Arthropoda, Subphylum:
Crustacea, Kelas: Malacostraca, Subclass: Eumalacostraca, Superordo: Eucarida, Ordo:
Decapoda, Subordo: Dendrobranchiata, Keluarga: Penaeidae, Genus: Litopenaeus,
Spesies: Litopenaeus vannamei. Vannamei udang adalah binatang malam, dengan aktivitas yang lebih pada malam hari. Proces anyaman dimulai dengan tiba-tiba melompat dari telur perempuan dan mendepak sel. Pada saat yang sama laki-laki itu udang mendepak sperma. Proses kawin mengambil sekitar satu menit. Beberapa vannamei tertimbang dari 30 - 45 gram akan menghasilkan sekitar 100.000 - 250.000 telur dengan diameter 0,22 mm (Haliman dan Adijaya, 2005). Vannamei udang (L.vannamei) adalah dianggap sebagai salah satu spesies yang dapat dikembangkan untuk meningkatkan produksi udang nasional, karena memiliki produktivitas yang tinggi, tingkat kelangsungan hidup dan cepat tumbuh periode (3 bulan). Penyakit yang lebih resistensi dibandingkan dengan spesies lain dan lebih luas salinitas toleransi (Wyban, dan Sweeney,1991). Dengan rehabilitasi dan optimalisasi yang L.vannamei akan membuat kesempatan untuk dukungan industri udang nasional. Studi tentang kitosan aplikasi menggunakan dua unit 0,5 ha tambak udang, tingkat semi intensif dengan 30.000 30-hari pasca larva di Mangkang Kulon kabupaten, Semarang kota. Tujuan dari arus penelitian adalah untuk mempelajari pengaruh kitosan.

 

Sumber : 

http://ejournal.undip.ac.id/index.php/coastdev/article/view/943

Bioinformatika Dalam Dunia Budidaya

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA. Ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metodematematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritmauntuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Jadi bioinformatika khususnya pada dunia budidaya sangat berpengaruh penting, yakni:
1. menentukan penyakit pada ikan melalui penelitian pada DNA ikan

2. mempermudah para praktisi (pengusaa dan kelompok tani aquakultur) untuk mendapatkan informasi terkini     terkait kesehatan ikan dalam menjaga kelangsungan serta meningkatkan produksinya

3. mempermudah penyuluh dan konsultan aquakultur untuk mendapatkan informasi terkini tentang kesehatan       ikan yang dapat dijdikan sebagai bahan penyampaian

4. mempermudah penyuluh dan konsultan aquakultur untuk mendapatkan informasi terkini tentang kesehatan       ikan yang dapat dijdikan sebagai bahan penyampaian

Sumber :

http://airgunawan.wordpress.com/2011/11/20/bioinformatika-pada-dunia-budidaya/

http://teknologihasilperikanan-unsri.blogspot.com/2010/04/bioinformatika.html

SIG dan Pengindraan Jarak Jauh

http://p3m.amikom.ac.id/p3m/dasi/juni07/02%20-%20STMIK%20AMIKOM%20Yogyakarta%20Sistem%20Informasi%20Geografi,%20Pengertian%20dan%20Pemanfaatannya.pdf





Sistem Informasi
Kata sistem berasal dari bahasa Yunani yaitu systema, yang
mempunyai satu pengertian yaitu sehimpunan bagian atau komponen
yang saling berhubungan secara teratur dan merupakan satau kesatuan
yang tidak terpisahkan (Vaza,2006). Sementara itu menurut Hamalik
(2002 dalam Zakir 2007) Sistem secara teknis berarti seperangkat
komponen yang saling berhubungan dan bekerja sama untuk mencapai
suatu tujuan. Mudyharjo (1993, dalam Zakir 2007) mendefinisikan
sistem sebagai suatu kesatuan dari berbagai elemen atas bagianbagian
yang mempunyai hubungan fungsional dan berinteraksi secara
dinamis untuk mencapai hasil yang diharapkan.
Dari ketiga definisi tersebut, dapat ditarik kesimpulan bahwa
pengertian sistem adalah seperangkat bagian-bagian yang saling
berhubungan erat satu dengan lainya untuk mencapai tujuan bersamasama.


Sistem Informasi Georafis atau Georaphic Information
Sistem (GIS) merupakan suatu sistem informasi yang berbasis
komputer, dirancang untuk bekerja dengan menggunakan data yang
memiliki informasi spasial (bereferensi keruangan). Sistem ini mengcapture,
mengecek, mengintegrasikan, memanipulasi, menganalisa,
dan menampilkan data yang secara spasial mereferensikan kepada
kondisi bumi. Teknologi SIG mengintegrasikan operasi-operasi umum
database, seperti query dan analisa statistik, dengan kemampuan
visualisasi dan analisa yang unik yang dimiliki oleh pemetaan.
Kemampuan inilah yang membedakan SIG dengan Sistem Informasi
lainya yang membuatnya menjadi berguna berbagai kalangan untuk
menjelaskan kejadian, merencanakan strategi, dan memprediksi apa
yang terjadi.


Berikut ini adalah karakter atau sifat-sifat tertentu yang
dimiliki oleh sistem
- Mempunyai komponen (component).
- Penghubung sistem (interface).
- Masukan sistem (input).
- Keluaran sistem (output).
- Pengolahan sistem (proces).
- Sasaran suatu tujuan (goal)

bioinformatika

Aplikasi yang menonjol terdapat pada pengolahan data biologi dalam jumlah besar seperti data kristalografi sinar X protein, dll. Tetapi sekarang bidang bioinformatika lebih dikenal oleh masyarakat luas. Bioinformatika belum lama ini lahir karena latar belakang kemajuan ilmu dan teknologi biologi/bioteknologi akibat revolusi om pada bidang biologi molekuler, dimana pada saat yang bersamaan terjadi revolusi teknologi informasi dan komputasi. Jadi dua revolusi penting (om dan tik) bersinergi, melahirkan bioinformatika.

Bioinformatika pun berkembang pesat pada pengolahan data genom yang menjadi fondasi informasi biologi. Aplikasinya termasuk perakitan segmen ratusan pasang basa DNA menjadi satu sekuen genom utuh dengan ukuran mencapai milyaran pasang basa (genome assembling), prediksi keberadaan gen dan perangkat pelengkapnya seperti promotor dalam genom (gene annotation), sampai kepada prediksi fungsinya (functional genomics).

Meningkat pada tingkat informasi biologi lebih tinggi, bioinformatika mempercepat perkembangan teknologi transkriptom dengan penambangan data multi-dimensi ekspresi gen hasil eksperimen dengan perangkat DNA microarray/DNA chip. Selanjutnya pada tingkat berikut, proteom, aplikasi bioinformatika menjadi lebih bervariasi karena molekul protein lebih komplek. Komputer tercepat di dunia pun, seperti BlueGene/L (IBM) dan MDGrape 3 (RIKEN) diperuntukkan khusus untuk bioinformatika pelipatan/folding protein (molecular dynamics).

Pada tingkat yang lebih menantang tapi masih penuh ketidakpastian, bioinformatika mulai diterapkan pada metabolom (systems biology), dst. Walau aplikasi bioinformatika sangat beragam, semuanya memenuhi 3 komponen utama yaitu penggunaan atau perancangan pusat data/database, analisis berdasar pencarian kesamaan serta pola, dan prediksi/simulasi.

NCBI - National Center for Biotechnology Information

1.    Pengantar Umum

Memahami bahasa alam bisu namun elegan dari sel-sel hidup adalah pencarian biologi molekuler modern. Dari alfabet hanya empat huruf mewakili subunit kimia DNA muncul sintaks dari proses kehidupan yang paling kompleks ekspresi manusia. Mengungkap dan penggunaan "alfabet" untuk bentuk baru "kata dan frase" adalah fokus sentral dari bidang biologi molekuler. Volume mengejutkan data molekuler dan pola yang samar dan halus telah menyebabkan syarat mutlak untuk database terkomputerisasi dan alat analisis. Tantangannya adalah dalam mencari pendekatan baru untuk berurusan dengan volume dan kompleksitas data dan dalam menyediakan peneliti dengan akses yang lebih baik untuk analisis dan alat komputasi untuk meningkatkan pemahaman dari warisan genetik kita dan perannya dalam kesehatan dan penyakit.

2.    Membuat NCBI

Senator akhir Claude Pepper mengakui pentingnya metode pengolahan informasi terkomputerisasi untuk melakukan penelitian biomedis dan undang-undang yang disponsori mendirikan Pusat Informasi Bioteknologi Nasional (NCBI) pada tanggal 4 November 1988, sebagai sebuah divisi dari National Library of Medicine (NLM ) di Institut Kesehatan Nasional (NIH). NLM dipilih untuk pengalaman dalam menciptakan dan memelihara database biomedis, dan karena sebagai bagian dari NIH, itu bisa membangun program penelitian intramural komputasi dalam biologi molekular. Komponen penelitian kolektif NIH membentuk fasilitas penelitian biomedis terbesar di dunia.

3.    Penelitian Dasar

Sebagai sumber daya nasional untuk informasi biologi molekuler, misi NCBI adalah untuk mengembangkan teknologi informasi baru untuk membantu dalam pemahaman proses molekuler dan genetik yang mendasar yang mengontrol kesehatan dan penyakit. Lebih khusus, NCBI telah diisi dengan menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, genetika dan memfasilitasi penggunaan database tersebut dan perangkat lunak oleh penelitian dan komunitas medis; mengkoordinasikan upaya-upaya untuk mengumpulkan informasi bioteknologi baik secara nasional dan internasional, dan melakukan penelitian metode canggih berbasis komputer pengolahan informasi untuk menganalisis struktur dan fungsi molekul biologis penting.

4.    Untuk melaksanakan tanggung jawab yang beragam, NCBI:

a.       melakukan penelitian pada masalah biomedis mendasar di tingkat molekul menggunakan metode matematis dan komputasi

b.      mempertahankan kerjasama dengan beberapa lembaga NIH, akademisi, industri, dan lembaga pemerintah lainnya

c.       mendorong komunikasi ilmiah oleh pertemuan mensponsori, lokakarya, dan serangkaian ceramah

d.      mendukung pelatihan pada penelitian dasar dan terapan dalam biologi komputasi untuk rekan-rekan postdoctoral melalui Program Penelitian NIH Intramural

e.      melibatkan anggota masyarakat ilmiah internasional dalam penelitian dan pelatihan informatika melalui Program Pengunjung Ilmiah

f.        mengembangkan, mendistribusikan, mendukung, dan koordinat akses ke berbagai database dan perangkat lunak untuk masyarakat ilmiah dan medis

g.       mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, deposisi data dan pertukaran, dan tata-nama biologi

5.    Struktur Organisasi

Biologi Komputasi Cabang (CBB)

               a. Melakukan penelitian dasar dan terapan dalam masalah komputasi, matematika, dan teoritis dalam biologi molekular dan genetika, termasuk analisis genom, perbandingan urutan, metodologi urutan pencarian, struktur makromolekul, dinamika dan interaksi, dan struktur / fungsi prediksi
                b. Menetapkan proyek penelitian kolaboratif dalam biologi molekuler komputasi dengan ahli biologi, ahli kimia, ahli matematika, dan ilmuwan komputer di laboratorium NIH intramural, instansi pemerintah lainnya, akademisi, dan industri

c. Berkonsultasi dan menyarankan instansi pemerintah dan laboratorium penelitian di aplikasi komputer berbasis alat-alat analisis untuk mempelajari biologi molekuler

d. Berinteraksi dengan kelompok biologi molekuler untuk meningkatkan basah-bangku, laboratorium berbasis penelitian melalui penerapan pendekatan komputasi dan teoritis

Informasi Teknik Cabang (IEB)

a.       Melakukan penelitian terapan dalam representasi data dan analisis, termasuk pengembangan sistem berbasis komputer untuk penyimpanan, manajemen, dan pengambilan pengetahuan yang berhubungan dengan biologi molekular, genetika, dan biokimia

b.      Desain skema database dan spesifikasi untuk perwakilan dari berbagai bentuk informasi biologi molekuler, termasuk asam nukleat, protein, dan informasi struktural. Database ini berfungsi sebagai sumber daya nasional.

c.       Desain dan mengembangkan sistem terdistribusi perangkat lunak dari prototipe ke tahap operasional, yang menyediakan layanan komputasi peneliti dengan baik lokal dan remote

d.      Koordinat akses publik untuk urutan, genetika, struktural, dan informasi bibliografi dengan membangun database dikuratori dan terpadu dan, bila mungkin, menetapkan hubungan ke database eksternal

e.      Menetapkan proyek penelitian kolaboratif informatika dengan laboratorium NIH intramural serta kelompok akademis luar sekolah

f.        Berkonsultasi dengan dan menyarankan badan-badan pemerintah lainnya dan laboratorium penelitian tentang metode lanjutan dari perangkat lunak dan desain database

g.       Mengembangkan dan mempromosikan standar untuk database, pertukaran data, dan tata-nama biologi

Informasi Sumber Daya Cabang (BPPK)

a.       Rencana, mengarahkan, dan mengelola operasi teknis dari NCBI, termasuk sistem komputer yang digunakan untuk penelitian dan pengembangan serta sistem komputer yang digunakan untuk mengakses database publik

b.      Menyediakan bantuan teknis untuk NCBI staf dan menyediakan dukungan bagi pengguna eksternal NCBI layanan jaringan

c.       Mengawasi operasi jaringan untuk NCBI dan berkoordinasi dengan instansi pemerintah lainnya untuk akses baik nasional dan internasional untuk layanan NCBI

d.      Mengatur demonstrasi pendidikan dan lokakarya bagi masyarakat biomedis untuk mendorong penggunaan layanan informasi NCBI

e.      Rencana, mengembangkan, dan mengelola kontrak-kontrak pemerintah dan perjanjian koperasi untuk pengadaan peralatan dan jasa dalam mendukung fungsi informasi NCBI

f.        Berfungsi sebagai penghubung untuk layanan dukungan pengguna untuk lembaga yang terlibat dalam proyek genom

g.       Melakukan penelitian terapan dan pengembangan, menyediakan konsultasi teknis dan arah, dan mengidentifikasi kebutuhan pengguna. Melakukan survei untuk mengevaluasi penggunaan NCBI perangkat lunak yang dikembangkan dalam komunitas pengguna biologi.

h.      Berkoordinasi dengan lembaga pemerintah lain dan sumber daya biologi informasi untuk memfasilitasi pengembangan repositori data pada NCBI
Sebuah Dewan Penasihat Ilmiah bertemu dua kali setahun untuk meninjau kegiatan penelitian dari Pusat.

6.    NCBI Cabang Biologi Komputasional

Penelitian di Cabang Biologi Komputasional NCBI (CBB) berfokus pada pendekatan komputasi teoritis, analitis, dan diterapkan untuk berbagai masalah fundamental dalam biologi molekuler dan kedokteran.

Program penelitian di Cabang Biologi Komputasi dilakukan oleh Penyidik ​​Senior, Penyidik ​​penguasaan lagu, Penyidik ​​Associate, Ilmuwan Staf, Fellows Postdoctoral, dan mahasiswa. Program ini berfokus pada teori, pendekatan analitis dan diterapkan untuk berbagai masalah fundamental dalam biologi molekular.

Keahlian kelompok terkonsentrasi dalam analisis urutan, struktur protein / fungsi analisis, informatika kimia, dan analisis genom. Kepentingan penelitian lebih lanjut mencakup berbagai topik dalam biologi komputasi dan ilmu informasi. Ini termasuk, tetapi tidak terbatas pada, algoritma pencarian database, urutan identifikasi sinyal, model matematika dari evolusi, metode statistik dalam virologi, perilaku dinamis dari sistem reaksi kimia, statistik pencarian teks algoritma, struktur protein dan fungsi prediksi, genomik komparatif, taksonomi pohon, genetika populasi, dan biologi sistem.

Banyak proyek penelitian dasar yang dilakukan oleh peneliti CBB melayani untuk meningkatkan dan memperkuat Suite NCBI database tersedia untuk umum dan perangkat lunak aplikasi. Upaya penelitian kolaboratif antara peneliti NCBI serta dengan komunitas riset eksternal, telah menyebabkan pengembangan algoritma yang inovatif (BLAST, PSI-BLAST, VAST, dan roda), pendekatan penelitian novel (teks tetangga) dan sumber daya dasar (PubChem dan CDD) yang telah mengubah bidang biologi komputasi. Algoritma dan aplikasi saat ini sedang dikembangkan memiliki potensi untuk lebih memajukan penemuan ilmiah.

Anggota CBB berkontribusi signifikan terhadap validitas dan keandalan sumber daya online NCBI dengan meninjau kualitas dan akurasi data disimpan dalam database, serta keakuratan informasi yang digunakan untuk membubuhi keterangan data. Anggota juga menyediakan kepemimpinan dan bimbingan kepada masyarakat luar sekolah dengan perencanaan dan pengorganisasian konsorsium ilmiah untuk menentukan penggunaan sumber daya yang paling efektif urutan publik untuk biologi eksperimental skala besar atau tinggi-throughput. Para peneliti berkolaborasi untuk mendefinisikan area baru penelitian dan mengidentifikasi mekanisme komputasi yang tepat untuk mengatasinya.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/